Berawal dari tahun 1996, ada keinginan kuat dari jajaran Pengurus Yapis Cabang Kabupaten Jayawijaya, untuk membantu pemerintah meningkatkan kuallitas pendidikan di Kabupaten Jayawijaya. Yaitu dengan menghadirkan satu perguruan tinggi yang berkualitas.
Setelah dirasa siap dalam segala sisi, maka pada tahun 2002, STIA resmi melakukan kuliah perdana untuk tahun akademik 2003/2004. Masa-masa awal beroperasinya adalah masa-masa penuh perjuangan. Tidak mudah untuk menanamkan kesadaran tentang pentingnya melanjutkan pendidikan ke jenjang pendidikan tinggi kepada masyarakat Jayawijaya. Bertahap dan pasti, STIA terus berkembang, memantapkan diri sebagai salah satu Perguruan Tinggi favorit di Kawasan Pegunungan Tengah Papua.
Maka untuk menjawab tuntutan tersebut, maka STIA berubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (STISIP) Amal Ilmiah Yapis Wamena, berdasarkan SK Dikti No. 317/E/O/2012 tertanggal 14 September 2012. Dan kini, semua Program Studi di STISIP Amal Ilmiah Yapis Wamena, telah terakreditasi.
STISIP Amal Ilmiah Yapis Wamena sementara mengajukan perubahan kelembagaan menuju Universitas dan terus berkomitmen untuk meningkatkan mutu pendidikannya melalui peringkat akreditasi program studi dan Institusi. Sehingga bisa melahirkan generasi-generasi emas Papua yang bisa berbicara di kancah nasional, bahkan internasional.