Pada masa pandemic Covid-19 banyak kegiatan akademik yang terhambat, namun Universitas Amal Ilmiah Yapis Wamena (UNAIM) tetap melakukan penerimaan mahasiswa baru Tahun Akademik 2020/2021. UNAIM membuka penerimaan mahasiswa baru pada 3 Fakultas dan 8 Prodi yaitu Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Prodi Sarjana administrasi Publik dan Prodi Sarjana Ilmu Pemerintahan. Fakultas Sain dan Tekhnologi, Prodi Sarjana Pengelolaan Sumber Daya Lahan, Prodi Sarjana Perencanaan Wilayah Kota, dan Sarjana Agronomi. Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Prodi Sarjana Manajemen Retail, Sarjana Administrasi Bisnis dan Diploma tiga Administrasi Bisnis.

Penerimaan mahasiswa baru dilakukan dengan mengikuti protocol pencegahan covid-19, pendaftar harus dalam keadaan sehat sewaktu melakukan pendaftaran, menjaga jarak, mencuci tangan pada tempat yang telah disediakan sebelum melakukan pendaftaran, pemeriksaan suhu tubuh sebelum masuk pada ruangan pendaftaran, dan menggunakan masker.

Pendaftran juga dapat dilakukan secara online, dengan mengakses link Https://Https://www.unaim-wamena.ac.id/pmb-unaim/ serta dapat juga melakukan pendaftaran dengan menscan barkode PMB yang telah disediakan.