1. Lembaga Penjaminan Mutu (LPM)
Kepala: Dr. Telly Nancy Silooy, M.Si
Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) bertanggung jawab untuk memastikan kualitas pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di Universitas Amal Ilmiah Yapis Wamena. LPM mengembangkan perangkat dan panduan penjaminan mutu, mengkoordinasikan pelaksanaan penjaminan mutu, serta memonitor dan mengevaluasi hasil pelaksanaan penjaminan mutu di seluruh unit kerja universitas. LPM juga berperan dalam mengelola proses akreditasi eksternal dengan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) atau Lembaga Akreditasi Mandiri (LAM).
2. Lembaga SDM dan Sertifikasi Profesi
Kepala : H. Agus Sumaryani, S.Pt., M.Si
Lembaga Sertifikasi Profesi (LSP) yang dipimpin oleh H. Agus Sumaryani berfokus pada pengembangan dan sertifikasi kompetensi di bidang Manajemen Sumber Daya Manusia (MSDM). LSP ini telah mendapatkan lisensi dari Badan Nasional Sertifikasi Profesi (BNSP) untuk menyelenggarakan uji kompetensi di bidang pengelolaan SDM. LSP menyediakan berbagai skema sertifikasi, pelatihan, dan konsultasi untuk meningkatkan kompetensi tenaga kerja dan memastikan mereka memiliki keterampilan yang sesuai dengan standar industri.
3. Lembaga Bakat dan Minat Kemahasiswaan
Kepala : Tati Haryati, S.Sos., M.A.B
Lembaga Bakat dan Minat Kemahasiswaan bertujuan untuk mengembangkan potensi mahasiswa di bidang non-akademik. Lembaga ini menaungi berbagai Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) yang berfungsi sebagai wadah bagi mahasiswa untuk mengeksplorasi minat dan bakat mereka, baik dalam bidang seni, olahraga, maupun kegiatan lainnya. Lembaga ini juga menyelenggarakan berbagai kegiatan dan kompetisi untuk mendukung pengembangan diri mahasiswa.
4. Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM)
Kepala : Syarifah, S.Sos., M.Kom
LPPM bertanggung jawab untuk mengkoordinasikan dan mendokumentasikan kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di Universitas Amal Ilmiah Yapis Wamena. LPPM juga mengusahakan pengendalian administrasi sumber daya yang diperlukan untuk kegiatan tersebut. LPPM berperan dalam meningkatkan kualitas dan relevansi penelitian serta pengabdian kepada masyarakat, dengan tujuan untuk memberikan kontribusi nyata bagi pembangunan masyarakat.
5. Lembaga Kewirausahaan dan Pengembangan Usaha
Kepala : Herlyani S, S.Pi., M.Agb
Lembaga Kewirausahaan dan Pengembangan Usaha bertujuan untuk mengembangkan jiwa kewirausahaan di kalangan mahasiswa dan staf universitas. Lembaga ini menyediakan berbagai program pelatihan, pendampingan, dan konsultasi untuk membantu individu dan kelompok dalam memulai dan mengembangkan usaha. Lembaga ini juga berperan dalam membangun ekosistem kewirausahaan yang mendukung pertumbuhan dan keberlanjutan usaha kecil dan menengah (UKM)
6. Lembaga Kajian Ilmiah Pokok dan Inovasi Akademik
Kepala : Aprianto Soni, S.Pd., M.Pd
Lembaga Kajian Ilmiah Pokok dan Inovasi Akademik bertujuan untuk mendorong penelitian dan inovasi di bidang akademik. Lembaga ini mengkoordinasikan kegiatan penelitian ilmiah, mengembangkan program-program inovatif, dan memfasilitasi kolaborasi antara dosen, mahasiswa, dan pihak eksternal. Lembaga ini juga berperan dalam menyebarluaskan hasil penelitian dan inovasi untuk meningkatkan kualitas pendidikan dan kontribusi universitas terhadap masyarakat.